pues si ya subiste los menus.swf a tpa/preset/syste/desktop/flash y los temas en la carpeta temas de tu SE subiste el activadorel customize_upgrade.xml para ke el SE reconosca los menus flash en tpa/presset/custom y si es asi prueva haciendole un reinicio maestro de ajustes y prueva aplicar tema ke el SE traiga por defecto menu flash ya incorporado para ver si te lo toma y si te lo toma kiere decir ke el tema ke pusiste no esta relasionado con el o los menus ke suviste anterior mente.
saludos...