Al flashear el MAIN sólo se borraran todos los parches formate .vkp que hallas instalado, los customize (skin walkman, menús flash, etc) que subíste seguirán estando ya que se cargan en el FS al igual que imágenes, juegos, y demás archivos que tengas en tú móvil...
De todas formas si lo que necesitas es sacar un parche sólo cargalo y cuando te haga la pregunta "press yes to remove patch, no to apply" según el inglés básico que manejo te dice, presiona "YES" para quitar (remover) el parche o "NO" para aplicarlo, osea presiona en "YES" y se quita...
Espero se halla entendido, Salu2