mmm raro tu problema lo que debes de hacer es apagar el cel y meter la m2
encender y deben de crearse las nuevas carpetas automaticamente
luego de eso insertar en la pc para verificar
otra cosa asegurate de que no este falseando el lector m2 o bn este sucio ya que no ase buen contacto

las carpetas system y otras andan masque nada ocultas para verlas
deberas activar la obcion ver carpetas y archivos ocultos -claro desde un explorador de windows

saludos

PD- PRUEBA METIENDO LA M2 EN OTRO CEL PARA QUE SE CREEN LAS CARPETAS
igual puede y este mal el lector de tu cel o roto