amgo tu cel no esta loco
estas hacinendo algo mal al subir archivos a la FS, o al aplicar parches, ese script que pusiste es para leer directorio o carpeta readdir y no debes de hacer eso para subir archivos, solo si vas a leer los directorios...
lo que tienes que hacer por ejemplo un camdriver vas hacer una carpteta llamada camdriver hay adentro metes tu camdriver despues creas otra llamada settings y hay metes la carpeta camdriver luego otra llamada ifs y adentro va la carpeta settings despues comprimes en zip la carpeta IFS que es donde estan todas las creadas...
espero y te sirva

saludos!