mira amigo lo puedes subir junto solo colocalos en la ruta correspondiente--------el thm va en tpa/user/theme/................y el swf va en tpa/preset/system/desktop/flash/.............y cuando los metas configuras el tema thm y el solito activa al menu swf,
solo asegurate de que sea el tema activador de ese swf, ya que si no es solo se activa el tema pero el menu no, saludos