Tienes 2 opciones:
1. Editar con A2 Media Skinner los temas para les pongas a todos el mismo skin.
2. Poner los skins que deseas en tpa/system/icons con las imagenes con su nombre hexagesimal, hay un tema al respecto que es Aporte de graficos para A2 y de todas maneras con A2 Media Skinner borrar los skin de los temas que tengas para solo reconosca el default que seria las imagenes que subirias al FS con A2uploader, lo bueno de este ultimo es que la mayoria de temas no viene con skin asi que se pondra de frente las imagenes del skin que subas a tpa/system/icons